Spotty, 17 ans, travaille comme commis pour une compagnie d'assurance de bateaux à Londres. Il découvre que son supérieur, Basil, est obsédé par les naufrages depuis que son amour d'adolescence, Elsie, s'est embarquée clandestinement sur la Mary-Céleste, une goélette qui faisait le voyage de New York à Londres. Or ce bateau, qui a vraiment existé, est un des plus grands mystères de l'histoire maritime : on l’a retrouvé, 12 ans avant notre histoire, voguant toutes voiles dehors au large des Açores, mais sans aucun passager à bord !
Un jour, un vieux marin débarque dans le bureau de nos deux héros avec une bouteille qui contiendrait le journal d'une passagère de ce bateau...